Originario de Ciudad Victoria, Tamaulipas. Es Ingeniero Civil por el Instituto Tecnológico y de Estudios Superiores de Monterrey (ITESM).Como integrante del Partido Revolucionario Institucional ha sido Presidente del Comité Estatal de Financiamiento para las elecciones de su estado en 1998 y Coordinador Estatal del Comité de Campaña de Francisco Labastida. Trabajó como Secretario General adjunto del Comité Directivo Estatal del PRI, y fue electo Diputado Federal por el quinto Distrito de Tamaulipas en el 2000.
Secretario de las Comisiones de Vivienda y Recursos Hidráulicos en la Cámara de Diputados, Eugenio Hernández Flores fue, en el año 2001, Presidente Municipal de Ciudad Victoria y tiempo después Presidente de la Federación Nacional de Municipios de México zona norte.
Desde el 5 de febrero de 2005 asumió el cargo de Gobernador de Tamaulipas.
